主恩堂的基督徒教育委員會設計了五類主日學課程：慕道課程、基要課程、新約聖經課程、舊約聖經課程及專題課程，保證每個季度都同時有五門課程供大家選擇，滿足弟兄姐妹不同層次的需求。

慕道課程介紹
慕道課程有《慕道班》和《受洗班》兩門課程；
《慕道班》是為剛剛來教會的慕道朋友開設，介紹和回答有關信仰的各種問題；
《受洗班》是在每年洗禮前特別為準備受洗的弟兄姐妹開設，為要明白福音的內容和信仰的要求，立志在受洗後緊緊跟隨主；這兩門課都是受洗前的必修課。

基要課程介紹
基要課程是為受洗後的弟兄姐妹開設的，總共5門課，分八季修完。 基要課程是受洗後的必修課，建議全部修完後再進入之後的選修課程。

《豐盛生命》是基本的門訓課程，幫助受洗後的弟兄姐妹瞭解如何過一個基督徒的生活，如何從神那裡獲得更加豐盛的生命；
《基要真理》是簡要地介紹基督教的教義和神學；
《新約概論》(兩季課程)和《舊約概論》(三季課程)修完後可以對聖經整體內容有一個結構性的把握；
《教會歷史》介紹基督教2000年的教會史，是基督徒進入教會生活所必須要瞭解的。

新約聖經課程介紹
新約聖經的主日學課程共分四大類 (福音書和使徒行傳為一類，保羅書信中的監獄書信和教牧書信併為一類，其餘保羅書信為一類，其他非保羅書信併為一類); 每年四個季度分別從這四類中選擇四門課進行教授，按照書卷特點和長短重新歸類，將新約聖經課程共整理為19門課，需5年才能全部學完。

舊約聖經課程介紹
舊約聖經的主日學課程共分四大類 (其中將大、小先知書合併為一類)；每年的四個季度會分別從這四類中選擇四門課程進行教授，按照書卷大小和關聯，舊約聖經課程共分成 21門課，需5年才能全部學完。

專題進深課程介紹
專題進深專題是在上完基本課程之後，對於基要真理，教會事奉和宣教及基督徒生活等某些特別重要的議題進行深入的探討，其中包括：
1）生活專題（團契生活，婚姻家庭，情緒管理，基督教倫理學，職場事奉，基督徒理財觀等)；
2）神學專題（神論，基督論，人論，救贖論，聖靈論&教會論，末世論，新約神學，舊約神學，護教學，釋經學，近代神學思潮與演變等)；
3）宣教類專題（宣教學，中國教會史，宣教人物傳等)；
4）教會服事類（如何帶領團契小組，音樂事奉與敬拜等)：用一個季度的時間從聖經角度作歸納、研究、分析或個案討論進行廣泛深入的探討。 幫助我們在信心、事奉、和生活的每一層面都能建基在上帝話語的真理上，誠實遵行祂的旨意，生命不斷更新，靠著主耶穌基督多結果子榮耀天父。